Presidente y rector del Doha Institute for Graduate Studies, donde anteriormente ocupó el cargo de director del Programa de Política y Relaciones Internacionales de la Facultad de Ciencias Sociales y Humanidades (SOSH) (2015-2017) y, posteriormente, el de catedrático de Política y decano (2017-2020). Previamente, El-Affendi trabajó en el Centro para el Estudio de la Democracia de la Universidad de Westminster (1997-2015). También fue investigador visitante y profesor en el Instituto Christian Michelsen de Bergen (Noruega), entre 1995 y 2003, en la Universidad de Oxford (1990), en la Universidad Northwestern (2002), en la Universidad de Cambridge (2010-2012), así como en el Instituto Internacional de Pensamiento y Civilización Islámicos de Kuala Lumpur (Malasia), en 2008.
El-Affendi ha pronunciado discursos de apertura y conferencias en universidades de los cinco continentes, incluidas la mayoría de las principales universidades de Estados Unidos y el Reino Unido. Entre sus publicaciones más recientes se encuentran Genocidal Nightmares: Narratives of Insecurity and the Logic of Mass Atrocities (Bloomsbury, 2015) y After the Arab Revolutions: Decentring Democratic Transition Theory (Edinburgh University Press, 2021), coeditado con Khalil Al Anani.